Ang pagganap ng apat na nucleic acid amplification ay nagsasabing kilalanin ang SARS-COV-2 sa Ethiopia

Salamat sa pagbisita sa Nature.com. Gumagamit ka ng isang bersyon ng browser na may limitadong suporta sa CSS. Para sa pinakamahusay na karanasan, inirerekumenda namin na gumamit ka ng isang na -update na browser (o huwag paganahin ang mode ng pagiging tugma sa Internet Explorer). Bilang karagdagan, upang matiyak ang patuloy na suporta, ipinapakita namin ang site nang walang mga estilo at JavaScript.
Nagpapakita ng isang carousel ng tatlong slide nang sabay -sabay. Gamitin ang nakaraan at susunod na mga pindutan upang ilipat sa pamamagitan ng tatlong slide nang sabay -sabay, o gamitin ang mga pindutan ng slider sa dulo upang ilipat sa pamamagitan ng tatlong slide nang paisa -isa.
Dahil ang pagsiklab ng 2019 Coronavirus (CoVID-19), maraming mga komersyal na nucleic acid amplification test (NAAT) ang binuo sa buong mundo at naging karaniwang mga assays. Bagaman maraming mga pagsubok ang mabilis na binuo at inilalapat sa mga pagsubok sa diagnostic ng laboratoryo, ang pagganap ng mga pagsubok na ito ay hindi nasuri sa iba't ibang mga setting. Samakatuwid, ang pag-aaral na ito ay naglalayong suriin ang pagganap ng Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, at Sansure Biotech assays gamit ang Composite Reference Standard (CRS). Ang pag -aaral ay isinasagawa sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) mula 1 hanggang 30 Disyembre 2020. 164 Nasopharyngeal sample ay nakuha gamit ang QIAAMP RNA Mini Kit at ang Abbott DNA Sample na paghahanda ng system. Sa 164 na mga specimen, 59.1% ay positibo at 40.9% ay negatibo para sa CRS. Ang Sansure biotech positivity ay makabuluhang mababa kumpara sa CRS (P <0.05). Ang Sansure biotech positivity ay makabuluhang mababa kumpara sa CRS (P <0.05). Положительные результаы Sansure Biotech ыли значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Ang mga positibong resulta ng Sansure Biotech ay makabuluhang mas mababa kumpara sa CRS (P <0.05).与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05 ）。与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05 ）。 У sansure biotech ыло значительно менше положительных результа по сравнению с crs (p <0,05). Ang Sansure Biotech ay may makabuluhang mas kaunting mga positibong resulta kumpara sa CRS (P <0.05).Ang pangkalahatang kasunduan ng apat na pagsusuri ay 96.3-100% kumpara sa CRS. Bilang karagdagan sa mababang rate ng positibo ng sansure biotech assay, ang pagganap ng apat na assays ay halos maihahambing. Tulad nito, ang Sansure Biotech [Research Only (RUO)] assay ay nangangailangan ng karagdagang pagpapatunay para sa paggamit nito sa Ethiopia. Sa wakas, ang karagdagang pananaliksik ay dapat isaalang -alang upang suriin ang mga assays na may naaangkop na mga paghahabol ng tagagawa.
Ang pagsubok sa laboratoryo ay bahagi ng World Health Organization (WHO) Strategic Plan para sa Coronavirus Disease 2019 (CovID-19) na paghahanda at tugon (SPRP). Pinapayuhan na ang mga bansa ay kailangang magtayo ng kapasidad ng laboratoryo upang mapagbuti ang paghahanda, wastong pamamahala ng kaso, pagbabantay at mabilis na pagtugon sa mga hamon sa kalusugan ng publiko. Ipinapahiwatig nito na ang papel ng laboratoryo ay susi sa pagkilala sa sakit at epidemiology ng mga umuusbong na nakakahawang ahente at pagkontrol sa kanilang pagkalat.
Ang diagnosis ng CovID-19 ay nangangailangan ng impormasyong epidemiological at medikal, mga personal na sintomas/palatandaan, at data ng radiographic at laboratoryo. Dahil ang pagsiklab ng Covid-19 ay naiulat sa Wuhan, China, maraming mga komersyal na nucleic acid amplification test (NAAT) ang binuo sa buong mundo. Ang real-time na reverse transcription polymerase chain reaksyon (RRT-PCR) ay ginamit bilang isang nakagawiang at karaniwang pamamaraan para sa diagnosis ng laboratoryo ng malubhang talamak na respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2) 3 impeksyon. Ang molekular na pagtuklas ng SARS-CoV-2 ay karaniwang batay sa N (nucleocapsid protein gene), E (sobre ng protina ng gene), at RDRP (RNA-depend RNA polymerase gene) na gene sa ORF1A/B (bukas na pagbabasa ng frame 1A/B). Gene) rehiyon na kinilala mula sa viral genome. Ang mga ito ay itinuturing na pangunahing natipid na mga rehiyon na matatagpuan sa mga virus na genom para sa pagkilala sa virus4. Kabilang sa mga gen na ito, ang mga RDRP at E gen ay may mataas na sensitivity ng pagtuklas, habang ang N gene ay may mababang analytical sensitivity5.
Ang pagganap ng PCR assays ay maaaring mag -iba depende sa iba't ibang mga kadahilanan tulad ng: pagkuha ng reagents, pagpapalakas/pagtuklas reagents, paraan ng pagkuha, kalidad ng PCR machine at iba pang mga instrumento. Hanggang sa Abril 2020, higit sa 48 iba't ibang mga aparato ng diagnostic mula sa siyam na bansa ang nakatanggap ng Emergency Use Authorization (EUA) para sa mga diagnostic ng CovID-196. Sa Ethiopia, higit sa 14 na mga platform ng real-time na PCR ang ginagamit para sa pagtuklas ng PCR ng SARS-CoV-2 sa 26 na mga institusyong pangkalusugan ng publiko, kabilang ang ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 at Quant-Studio7. Bilang karagdagan, ang iba't ibang mga kit ng pagsubok sa PCR ay magagamit, tulad ng Daan Gene Test, Abbott SARS-Cov-2 Test, Sansure Biotech Test, at SARS-Cov-2 BGI Test. Bagaman ang RRT-PCR ay lubos na sensitibo, ang ilang mga pasyente na may covid-19 ay nag-uulat ng mga maling negatibong resulta dahil sa hindi sapat na mga kopya ng viral ribonucleic acid (RNA) sa mga sample dahil sa hindi tamang koleksyon, transportasyon, imbakan at paghawak, at pagsubok sa laboratoryo. Kondisyon at kilos ng mga tauhan8. Bilang karagdagan, ang sample o control mishandling, cycle threshold (CT) setting, at cross-reaktibidad kasama ang iba pang mga pathogen nucleic acid o hindi aktibo/tira na SARS-CoV-2 RNA ay maaaring humantong sa maling positibong resulta sa mga rrt-PCR9 assays. Sa gayon, malinaw na ang mga pagsusuri sa PCR ay maaaring makilala ang mga carrier ng mga fragment ng gene, dahil hindi nila makikilala sa pagitan ng tunay na aktibong mga virus na gen, kaya ang mga pagsubok ay makikilala lamang ang mga tagadala at hindi mga pasyente10. Samakatuwid, mahalaga na masuri ang pagganap ng diagnostic gamit ang mga karaniwang pamamaraan sa aming setting. Bagaman maraming mga reagents ng NAAT ang magagamit sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) at sa buong bansa, walang paghahambing na pagsusuri ng kanilang pagiging epektibo ay naiulat na. Samakatuwid, ang pag-aaral na ito ay naglalayong suriin ang paghahambing na pagganap ng mga magagamit na komersyal na kit para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2 ng RRT-PCR gamit ang mga klinikal na ispesimen.
Isang kabuuan ng 164 mga kalahok na may pinaghihinalaang Covid-19 ay kasama sa pag-aaral na ito. Ang karamihan ng mga sample ay mula sa mga sentro ng paggamot (118/164 = 72%), habang ang natitirang 46 (28%) na mga kalahok ay mula sa mga sentro ng hindi paggamot. Kabilang sa mga kalahok na hindi ginagamot sa gitna, 15 (9.1%) ang may mga pinaghihinalaang mga kaso at 31 (18.9%) ay may mga contact ng mga nakumpirma na kaso. Siyamnapu't tatlong (56.7%) ang mga kalahok ay lalaki, at ang ibig sabihin (± SD) edad ng mga kalahok ay 31.10 (± 11.82) taon.
Sa pag-aaral na ito, tinukoy ang positibo at negatibong mga rate ng apat na mga pagsubok para sa Covid-19. Sa gayon, ang mga positibong rate ng Abbott SARS-COV-2 assay, Daan Gene 2019-NCOV Assay, SARS-COV-2 BGI Assay, at Sansure Biotech 2019-NCOV assay ay 59.1%, 58.5%, 57.9% at 55.5% ayon sa pagkakabanggit. Ang positibo at negatibong composite na sanggunian na pamantayan (CRS) na mga marka ay 97 (59.1%) at 67 (40.9%), ayon sa pagkakabanggit (Talahanayan 1). Sa pag -aaral na ito, ang kahulugan ng CRS ay batay sa "anumang positibong" panuntunan, kung saan sa labas ng apat na mga resulta ng pagsubok, dalawa o higit pang mga resulta ng pagsubok na nagbigay ng parehong resulta ay itinuturing na tunay na positibo o negatibo.
Sa pag -aaral na ito, natagpuan namin ang isang negatibong kasunduan sa porsyento (NPA) na 100% (95% CI 94.6-100) para sa lahat ng mga pagsusuri kumpara sa CRS. Ang pagsusuri ng biotechnology ng sansure ay nagpakita ng isang minimal na PPA na 93.8% (95% CI 87.2-97.1) at ang pagsusuri ng DAAN 2019-NCOV ay mayroong pangkalahatang kasunduan na 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sa kaibahan, ang pangkalahatang kasunduan sa pagitan ng SARS-COV-2 BGI assay at ang Sansure Biotech 2019-NCOV assay ay 98.8% at 96.3%, ayon sa pagkakabanggit (Talahanayan 2).
Ang koepisyent ng Kappa ng Cohen ng kasunduan sa pagitan ng mga resulta ng CRS at Abbott SARS-COV-2 ay ganap na pare-pareho (k = 1.00). Katulad nito, ang mga halaga ng Kappa ng Cohen na napansin ni Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, at Sansure Biotech 2019-NCOV ay ganap ding naaayon sa CRS (K ≥ 0.925). Sa paghahambing na pagsusuri na ito, ang chi-square test (McNemar test) ay nagpakita na ang mga resulta ng Sansure Biotech 2019-NCOV ay makabuluhang naiiba sa mga resulta ng CRS (P = 0.031) (Talahanayan 2).
Tulad ng ipinapakita sa FIG.1 Ang porsyento ng pinakamababang halaga ng CT (<20 ct) ng Abbott SARS-COV-2 assay (pinagsama RDRP at N gene) ay 87.6% at ang ORF1A/B gene CT na halaga ng sansure biotech 2019-NCOV assay ay nagpakita na ang porsyento ng mababang halaga ng CT (<20 ct) ay 50.3% at ang mataas na halaga ng CT (36-40 ct) ay 3.2%. 1 Ang porsyento ng pinakamababang halaga ng CT (<20 ct) ng Abbott SARS-COV-2 assay (pinagsama RDRP at N gene) ay 87.6% at ang ORF1A/B gene CT na halaga ng sansure biotech 2019-NCOV assay ay nagpakita na ang porsyento ng mababang halaga ng CT (<20 ct) ay 50.3% at ang mataas na halaga ng CT (36-40 ct) ay 3.2%.Tulad ng ipinapakita sa FIG.1, процент наименшего значени я (<20 ct) at Abbott Sars-Cov-2 (комировоising 87,6%, ORF1A/B анализа Sansure Biotech 2019-ncov показало ч процент низкого значения CT (<20 CT) составлял 50,3%, Высокое значенalala CT (36-40 CT) составляло 3,2%. 1, ang porsyento ng pinakamababang halaga ng CT (<20 CT) ng Abbott SARS-CoV-2 (pinagsama gene RDRP at N) ay 87.6%, at ang halaga ng CT ng ORF1A/B gene analysis ng sansure biotech 2019-NCOV ay nagpakita na ang porsyento ng mababang halaga ng CT (<20 ct) na accounted para sa 50.3%, at mataas na halaga ng CT (36–40 CT) na accounted para sa 3.2%, at mataas na halaga ng CT (36–40 CT) na accounted para sa 3.2%, at mataas na halaga CT (36–40 CT) na accounted para sa 3.2%, at mataas na halaga ng CT (36–40 CT) na accounted para sa 3.2%.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因）的最低 CT 值百分比 （ Tulad ng ipinapakita sa Figure 1, ang pinakamababang porsyento ng halaga ng CT (<20 ct) ng Abbott SARS-COV-2 na pagsubok (kumbinasyon ng RDRP at N gene) ay 87.6%, ang ORF1A/B gene CT na halaga ng sansure biotech 2019-ncov test ay nagpapakita ng mababang CT 值 (<20 ct) 的 porsyento ay 50.3%, 高 CT 值 (36-40 CT) 3.2%. Как показано н рисунке 1, анализ Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) иел самое низкое процентное значение Ct ( разере 87,6%, at з значение ct гена ORF1A/B В исследованиeld Sansure Biotech 2019- анализ ncov показал низкий Ct. Tulad ng ipinapakita sa Figure 1, ang Abbott SARS-COV-2 assay (pagsasama-sama ng mga RDRP at N gen) ay may pinakamababang porsyento na halaga ng CT (<20 CT) sa 87.6%, habang ang halaga ng CT ng ORF1A/B gene sa pag-aaral ng Sansure Biotech 2019-ang pagsusuri ng NCOV ay nagpakita ng isang mababang CT. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, at процент Высоких значений CT (36–40 CT) составил 3,2%. Ang porsyento ng mga halaga (<20 ct) ay 50.3%, at ang porsyento ng mataas na halaga ng CT (36–40 ct) ay 3.2%.Ang pagsubok ng Abbott SARS-COV-2 B ay naitala ang mga halaga ng CT sa itaas ng 30. Sa kabilang banda, sa BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B gene ay may mataas na halaga ng CT (> 36 CT) na porsyento ay 4% (Larawan 1). Sa kabilang banda, sa BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B gene ay may mataas na halaga ng CT (> 36 CT) na porsyento ay 4% (Larawan 1). С другой стороны, В анализе BGI SARS-COV-2 ген ORF1A/B имел Высокое значение CT (> 36 CT), процен рalkher рооторо Yo). Sa kabilang banda, sa pagsusuri ng BGI SARS-COV-2 gene ORF1A/B ay may mataas na halaga ng CT (> 36 CT), ang porsyento ng kung saan ay 4% (Larawan 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT ）的百分比为 4%（图 1 ）。 Sa kabilang banda, sa pagtuklas ng BGI SARS-COV-2, ang porsyento ng ORF1A/B gene na may mataas na halaga ng CT (> 36 CT) ay 4% (Larawan 1). С другой стороны, В анализе BGI SARS-COV-2 процент генов orf1a/b с Высокими значенияи ct (> 36 ct) составил 4% (рис. 1). Sa kabilang banda, sa pagsusuri ng BGI SARS-CoV-2, ang porsyento ng mga ORF1A/B na mga gene na may mataas na halaga ng CT (> 36 CT) ay 4% (Larawan 1).
Sa pag -aaral na ito, kumuha kami ng 164 nasopharyngeal sample. Para sa lahat ng mga uri ng assays, ang paghihiwalay ng RNA at pagpapalakas ay isinagawa gamit ang mga pamamaraan at kit na inirerekomenda ng kani -kanilang mga tagagawa.
Ang pag-aaral na ito ay nagpakita na ang pagsubok ng Abbott para sa SARS-COV-2 ay may parehong pagganap ng pagtuklas tulad ng CRS, na may 100% positibo, negatibo, at pangkalahatang konkordansya. Ang kasunduan ng Kappa ni Cohen ay 1.00, na nagpapahiwatig ng buong kasunduan sa CRS. Ang isang katulad na pag-aaral ng University of Washington sa US ay natagpuan na ang pangkalahatang pagiging sensitibo at pagiging tiyak ng Abbott Test para sa SARS-COV-2 ay 93% at 100%, ayon sa pagkakabanggit, kumpara sa tinukoy na assay na tinukoy ng laboratoryo (LDA) ng CDC. 11. Ang sistema ng pagtuklas ng Abbott SARS-COV-2 ay batay sa sabay-sabay na pinagsamang pagtuklas ng mga gen ng N at RDRP, dahil ang parehong mga gene ay mas sensitibo, na binabawasan ang mga maling negatibo12. Ang isang pag -aaral sa Vienna, ipinakita rin ng Austria na ang malaking dami ng sample ng pagkuha at pagtuklas ng mga matalinong volume na nabawasan ang mga epekto ng pagbabanto at nadagdagan ang kahusayan ng pagtuklas13. Sa gayon, ang perpektong tugma ng Abbott para sa SARS-CoV-2 assay ay maaaring maiugnay sa isang sistema ng pagtuklas ng platform na sabay na nakakakita ng mga genes ng combinatorial, kumukuha ng isang malaking bilang ng mga sample (0.5 mL), at gumagamit ng isang malaking halaga ng masalimuot (40 µL).
Ipinakita din ng aming mga resulta na ang pagganap ng pagtuklas ng pagsubok ng genetic ng DAAN ay halos kapareho ng CRS. Ito ay naaayon sa isang pag -aaral14 na isinasagawa sa Anhui University sa Huainan, China, at ang paghahabol ng tagagawa ng 100% positibong kasunduan. Sa kabila ng mga ulat ng pare-pareho na mga resulta, ang isang sample ay maling negatibo pagkatapos ng pag-retesting ng parehong eluate, ngunit positibo sa Abbott SARS-CoV-2 at sansure biotech NCOV-2019 assays. Ipinapahiwatig nito na maaaring magkaroon ng pagkakaiba -iba sa mga resulta sa iba't ibang uri ng mga assays. Gayunpaman, sa pag-aaral na isinasagawa sa China15, ang resulta ng assay ng Daan gene ay makabuluhang naiiba (P <0.05) kumpara sa kanilang lab na tinukoy na sanggunian. Gayunpaman, sa pag-aaral na isinasagawa sa China15, ang resulta ng assay ng Daan gene ay makabuluhang naiiba (P <0.05) kumpara sa kanilang lab na tinukoy na sanggunian. Тем не менее, В исследованииeld, проведеном В китае15, результ анализа Daan Gene значительно отличалсся (P <0,05) лабораторного э эталоempe Gayunpaman, sa isang pag -aaral sa China15, ang resulta ng pagsusuri ni Daan Gene ay makabuluhang naiiba (p <0.05) mula sa kanilang pagsusuri sa sanggunian sa laboratoryo.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0.05 ）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако В исследованииeld, проведеном В китае15, результ генеsanческого теста daan значительно отличались (P <0,05) сравнению с э эталонны лабораторны тестом. Gayunpaman, sa isang pag -aaral sa China15, ang mga resulta ng genetic test ni Daan ay makabuluhang naiiba (p <0.05) kumpara sa sanggunian na pagsubok sa laboratoryo.Ang pagkakaiba-iba na ito ay maaaring sanhi ng pagiging sensitibo ng sanggunian sa sanggunian upang makita ang SARS-CoV-2, at ang karagdagang pag-aaral ay maaaring mahalaga upang matukoy ang sanhi.
Bilang karagdagan, sinuri ng aming pag-aaral ang paghahambing na pagganap ng SARS-COV-2 BGI assay na may CRS, na nagpapakita ng mahusay na positibong kasunduan sa porsyento (PPA = 97.9%), negatibong kasunduan sa porsyento (NPA = 100%), at pangkalahatang kasunduan sa porsyento ng kasarian (OPA). ). = 98.8%). Ang mga halaga ng Kappa ni Cohen ay nagpakita ng mahusay na kasunduan (k = 0.975). Ang mga pag -aaral sa Netherlands16 at China15 ay nagpakita ng pare -pareho na mga resulta. Ang pagsubok ng SARS-CoV-2 BGI ay isang solong gene (ORF1A/B) na pagsubok sa pagtuklas gamit ang 10 µL amplification/detection eluate. Sa kabila ng mahusay na kasunduan sa istatistika sa aming mga resulta ng sanggunian, ang pagsusuri ay hindi nakuha ang dalawang positibong sample (1.22%) ng kabuuang sample. Maaari itong magkaroon ng malaking klinikal na implikasyon para sa mga dinamikong paghahatid sa parehong antas ng pasyente at komunidad.
Ang isa pang paghahambing na pagsusuri na kasama sa pag-aaral na ito ay ang Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) assay; Ang pangkalahatang porsyento ng tugma ay 96.3%. Ang lakas ng kasunduan ay tinutukoy din ng halaga ng Kappa ng Cohen, na kung saan ay 0.925, na nagpapahiwatig ng buong kasunduan sa CRS. Muli, ang aming mga resulta ay magkapareho sa mga pag -aaral na isinasagawa sa Central South University sa Changsha, China, at sa Clinical Laboratory Department ng Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Kahit na naitala ang nasa itaas na istatistika ng konkordansya, ang chi-square test (Macnemar test) ay nagpakita na ang resulta ng sansure biotech assay ay nagkaroon ng isang makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (P <0.005). Kahit na naitala ang nasa itaas na istatistika ng konkordansya, ang chi-square test (Macnemar test) ay nagpakita na ang resulta ng sansure biotech assay ay nagkaroon ng isang makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (P <0.005). Нес / з з тie, уто ыло ззе хоровее с с с с с с с с с с с с с с с с с с ilalim iyoughsanher тie соответстaly, критерий хи-к ulit . 0,005). Bagaman naitala ang mabuting kasunduan sa istatistika sa itaas, ang chi-square test (McNemar test) ay nagpakita na ang resulta ng sansure biotech assay ay may isang makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （macnemar 检验）表明 ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0.005 ）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Выше хороше с с с с с с с с с с с с с с с соответствиisip с р разницу (p <0,005) межу анализом Sansure Biotech и Crs. Sa kabila ng mabuting kasunduan sa istatistika na nabanggit sa itaas, ang chi-square test (McNemar test) ay nagpakita ng isang makabuluhang pagkakaiba sa istatistika (p <0.005) sa pagitan ng Sansure Biotech Assay at ang CRS.Anim na halimbawa (3.66%) ang natagpuan na mga maling negatibo kumpara sa CRS (Karagdagang Talahanayan 1); Napakahalaga nito, lalo na binigyan ng dinamika ng paghahatid ng virus. Sinusuportahan din ng data sa itaas ang mababang rate ng pagtuklas15.
Sa pag-aaral na ito, ang mga halaga ng CT ay tinutukoy para sa bawat assay at kani-kanilang platform, na may pinakamababang ibig sabihin na halaga ng CT na iniulat sa Abbott SARS-COV-2 assay. Ang resulta na ito ay maaaring nauugnay sa sabay-sabay na pinagsamang sistema ng pagsubok ng genetic ng Abbott para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2. Samakatuwid, ayon sa Figure 1, 87.6% ng mga resulta ng Abbott SARS-CoV-2 ay mayroong mga halaga ng CT sa ibaba 20. Kaunti lamang ang bilang ng mga resulta ng sample (12.4%) ay nasa saklaw na 20-30. Ang mga halaga ng CT sa itaas ng 30 ay hindi naitala. Bilang karagdagan sa paggamit ng Abbott ng format na pagsusuri ng genetic ng SARS-COV-2, ang resulta na ito ay maaaring nauugnay sa mas mababang limitasyon ng pagtuklas (32.5 RNA na kopya/mL) 18, na tatlong beses na mas mababa kaysa sa mas mababang limitasyon ng kumpanya ng 100 RNA kopya/ml. ml) 19.
Ang pag -aaral na ito ay may ilang mga limitasyon: una, wala kaming mga pamantayan/sanggunian na pamamaraan [tulad ng viral load o iba pang mga pagsubok sa laboratoryo (LDA)] dahil sa kakulangan ng mga mapagkukunan. Pangalawa, ang lahat ng mga specimen na ginamit sa pag -aaral na ito ay mga nasopharyngeal swabs, habang ang mga resulta ay hindi naaangkop sa iba pang mga uri ng ispesimen, at pangatlo, maliit ang laki ng aming sample.
Inihambing ng pag-aaral na ito ang pagganap ng apat na RRT-PCR ay nagsasabing para sa SARS-CoV-2 gamit ang mga sample ng nasopharyngeal. Ang lahat ng mga assays ng pagtuklas ay halos maihahambing na pagganap, maliban sa sansure biotech assay. Bukod, ang mababang rate ng positibo ay nakilala sa sansure biotech assay kumpara sa CRS (P <0.05). Bukod, ang mababang rate ng positibo ay nakilala sa sansure biotech assay kumpara sa CRS (P <0.05). Кроме тie, В тесте sansure biotech ыл ВыВлен низкий процент положительных результоВ по савнению с crs (p <0,05). Bilang karagdagan, ang pagsubok ng sansure biotech ay nagpakita ng isang mababang porsyento ng mga positibong resulta kumpara sa CRS (P <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, анализ sansure biotech имел более низкий уровень положительных результоов по савннalala с crs (p <0,05). Bilang karagdagan, ang sansure biotech assay ay may mas mababang rate ng positibo kumpara sa CRS (P <0.05).Ang pagsusuri ng Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) ng PPA, NPA at pangkalahatang kasunduan ay lumampas sa 93.5% na may lakas ng Cohen Kappa ng halaga ng kasunduan na 0.925. Sa wakas, ang Sansure Biotech Assay (RUO) ay nangangailangan ng karagdagang pagpapatunay para magamit sa Ethiopia, at ang karagdagang pananaliksik ay dapat isaalang -alang upang suriin ang mga paghahabol mula sa mga indibidwal na tagagawa.
Ang disenyo ng paghahambing sa pag -aaral ay isinasagawa sa apat na pasilidad sa kalusugan sa Addis Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital, at St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Ang data ay nakolekta sa pagitan ng Disyembre 1 at 31, 2020. Ang mga medikal na pasilidad para sa pag -aaral na ito ay sadyang napili batay sa kanilang mataas na bilang ng mga kaso at ang pagkakaroon ng mga pangunahing sentro ng paggamot sa lungsod. Katulad nito, ang mga instrumento, kabilang ang ABI 7500 at Abbott M2000 real-time na mga instrumento ng PCR, ay napili ayon sa mga rekomendasyon ng mga tagagawa ng NAAT reagent, at apat na mga kit ng pagtuklas ng PCR ang napili para sa pag-aaral na ito, dahil ang karamihan sa mga laboratoryo sa Ethiopia ay ginamit ng hindi bababa sa apat sa kanila. Gene Test, Abbott SARS-CoV-2 test, sansure biotech test, at SARS-COV-2 BGI test na isinagawa sa panahon ng pag-aaral).
Ang pagsubok para sa SARS-COV-2 ay isinagawa mula 1 hanggang 30 Disyembre 2020 gamit ang 3 ml ng viral transport medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) mula sa mga indibidwal sa ilalim ng pagsisiyasat para sa Covid-19 na tinukoy sa EPHI. Ang mga sample ng Nasopharyngeal ay nakolekta ng mga sinanay na kolektor ng sample at ipinadala sa Ephi sa mga triple pack. Bago ang paghihiwalay ng nucleic acid, ang bawat sample ay itinalaga ng isang natatanging numero ng pagkakakilanlan. Ang pagkuha ay isinasagawa mula sa bawat sample kaagad sa pagdating gamit ang manu -manong at awtomatikong pamamaraan ng pagkuha. Kaya, para sa awtomatikong pagkuha ng Abbott M2000, 1.3 mL (kabilang ang 0.8 ml na patay na dami at 0.5 mL extraction inlet na dami) ng sample ay nakuha mula sa bawat sample at dumaan sa Abbott DNA sample na paghahanda ng system (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Ang isang batch na 96 [92 mga halimbawa, dalawang mga kontrol sa pagtuklas at dalawang mga kontrol na hindi template (NTC)] ay kasama sa pangkalahatang proseso (pagkuha at pagtuklas) ng dalawang pag-ikot ng SARS-COV-2 (EUA) sa totoong oras. Pagmimina. Katulad nito, para sa manu -manong pagkuha, gumamit ng parehong mga sample (para sa awtomatikong pagkuha at pagtuklas). Kaya, sa buong proseso, ang mga sample ng 140 µL ay na -aliquoted at nakuha gamit ang QIAAMP viral RNA mini kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) sa mga batch na 24 (kabilang ang 20 mga sample, dalawang kontrol ng assay at dalawang NTC) sa loob ng siyam na pag -ikot. Manu-manong nakuha ang mga eluates ay pinalakas at napansin gamit ang isang ABI 7500 thermal cycler gamit ang SARS-COV-2 BGI assay, Daan gene assay, at sansure biotech assay.
Ang awtomatikong paghihiwalay at paglilinis ng SARS-COV-2 viral RNA ay sumusunod sa prinsipyo ng magnetic bead gamit ang mga reagents ng paghahanda ng sample ng Abbott DNA. Ang hindi aktibo ng mga sample at solubilisasyon ng mga particle ng virus ay isinasagawa gamit ang isang naglilinis na naglalaman ng guanidine isothiocyanate upang ma -denature ang protina at hindi aktibo ang RNase. Ang RNA ay pagkatapos ay pinaghiwalay mula sa protina sa pamamagitan ng solidong paghihiwalay ng phase gamit ang silica, ibig sabihin, ang guanidinium salt at ang alkaline pH ng lysis buffer ay nagtataguyod ng pagbubuklod ng mga nucleic acid sa silica (SIO2). Ang hakbang sa paglawak ay nag -aalis ng natitirang mga protina at labi upang makabuo ng isang malinaw na solusyon. Ang transparent RNA ay nakahiwalay mula sa mga microparticle na batay sa silica gamit ang magnetic field20,21. Sa kabilang banda, ang manu -manong paghihiwalay at paglilinis ng RNA ay isinasagawa ng pamamaraan ng pag -ikot ng haligi gamit ang sentripugasyon sa halip na isang magnetic stand at paghihiwalay ng mga microparticle mula sa napakalaking.
Ang Abbott Real-Time SARS-COV-2 detection test (Abbott Molecular, Inc.) ay isinagawa ayon sa mga tagubilin ng tagagawa, na nakatanggap ng EUA19,22 mula sa WHO at FDA. Sa protocol na ito, ang sample na hindi aktibo bago ang pagkuha ay isinagawa sa isang paliguan ng tubig sa 56 ° C para sa 30 min. Matapos ang hindi aktibo na virus, ang pagkuha ng nucleic acid ay isinagawa sa isang instrumento ng Abbott M2000 SP mula sa 0.5 mL VTM gamit ang isang Abbott M2000 DNA sample na paghahanda ng system. Ayon sa tagagawa. Ang pagpapalakas at pagtuklas ay isinagawa gamit ang isang instrumento ng Abbott M2000 RT-PCR, at ang dual detection ay isinagawa para sa RDRP at N gen. ROX) at Vic P (pagmamay -ari ng pangulay) para sa pag -target at pagtuklas ng mga panloob na kontrol, na nagpapahintulot sa sabay -sabay na pagtuklas ng parehong mga produktong pagpapalakas 19.
Ang pamamaraan ng pagtuklas ng amplification ng kit na ito ay batay sa isang hakbang na teknolohiya ng RT-PCR. Ang mga gen ng ORF1A/B at N ay napili bilang natipid na mga rehiyon ng teknolohiya ng gene ng DAAN upang makita ang pagpapalakas ng target na rehiyon. Ang mga tiyak na primer at fluorescent probes (N gene probes na may label na may FAM, ORF1A/B probes na may label na may VIC) ay idinisenyo upang makita ang SARS-CoV-2 RNA sa mga sample. Ang pangwakas na mga masasamang halo at master ay inihanda sa pamamagitan ng pagdaragdag ng 5 µL ng matindi sa 20 µL ng master mix sa isang pangwakas na dami ng 25 µL. Ang pagpapalakas at pagtuklas ay isinagawa nang sabay-sabay sa isang instrumento ng ABI 750024 real-time na PCR.
Ang mga gen ng ORF1A/B at N ay napansin gamit ang sansure biotech NCOV-2019 nucleic acid diagnostic kit (fluorescent PCR detection). Maghanda ng mga tukoy na probes para sa bawat target na gene sa pamamagitan ng pagpili ng fam channel para sa ORF1A/B na rehiyon at ang ROX channel para sa N gene. Sa assay kit na ito, ang mga eluent at master mix reagents ay idinagdag tulad ng sumusunod: Maghanda ng 30 µL Master Mix reagent at 20 µL eluted sample para sa pagtuklas/pagpapalakas. Ang real-time na PCR ABI 750025 ay ginamit para sa pagpapalakas/pagtuklas.
Ang pagsubok ng SARS-COV-2 BGI ay isang fluorescent real-time na RRT-PCR kit para sa diagnosis ng Covid-19. Ang target na rehiyon ay matatagpuan sa rehiyon ng ORF1A/B ng SARS-CoV-2 genome, na kung saan ay isang paraan ng pagtuklas ng gene. Bilang karagdagan, ang gene housekeeping gene β-actin ay isang panloob na regulated target gene. Ang master mix ay inihanda sa pamamagitan ng paghahalo ng 20 µL ng master mix reagent at 10 µL ng nakuha na sample ng RNA sa isang mahusay na plate26. Ang isang ABI 7500 fluorescent na dami ng real-time na instrumento ng PCR ay ginamit para sa pagpapalakas at pagtuklas. Ang lahat ng nucleic acid amplification, PCR run kondisyon para sa bawat assay, at interpretasyon ng mga resulta ay isinagawa ayon sa kani -kanilang tagubilin ng tagagawa (Talahanayan 3).
Sa paghahambing na pagsusuri na ito, hindi namin ginamit ang paraan ng sanggunian na sanggunian upang matukoy ang porsyento ng kasunduan (positibo, negatibo, at pangkalahatang) at iba pang mga parameter ng paghahambing para sa apat na pagsusuri. Ang bawat paghahambing sa pagsubok ay ginawa sa CRS, sa pag -aaral na ito ang CRS ay itinakda ng panuntunan na "anumang positibo" at natukoy ang resulta, hindi sa isang pagsubok, ginamit namin ng hindi bababa sa dalawang mga resulta ng pagsubok. Bilang karagdagan, sa kaso ng paghahatid ng covid-19, ang mga maling negatibong resulta ay mas mapanganib kaysa sa mga maling positibong resulta. Samakatuwid, upang sabihin ang "positibo" nang tumpak hangga't maaari mula sa isang resulta ng CRS, hindi bababa sa dalawang pagsusuri sa assay ay dapat maging positibo, nangangahulugang kahit isang positibong resulta ay malamang na magmula sa isang assay ng EUA. Kaya, sa apat na mga resulta ng pagsubok, dalawa o higit pang mga resulta ng pagsubok na nagbibigay ng parehong resulta ay itinuturing na tunay na positibo o negatibo18,27.
Ang data ay nakolekta gamit ang nakabalangkas na mga form ng pagkuha ng data, ang pagpasok ng data at pagsusuri ay isinagawa gamit ang Excel Statistical Software at SPSS bersyon 23.0 para sa mga naglalarawan na istatistika. Ang positibo, negatibo, at pangkalahatang porsyento na kasunduan ay nasuri, at isang marka ng kappa ang ginamit upang matukoy ang antas ng kasunduan ng bawat pamamaraan kasama ang CRS. Ang mga halaga ng Kappa ay binibigyang kahulugan tulad ng sumusunod: 0.01 hanggang 0.20 para sa banayad na kasunduan, 0.21 hanggang 0.40 para sa pangkalahatang kasunduan, 0.41-0.60 para sa katamtamang kasunduan, 0.61-0.80 para sa pangunahing kasunduan at 0.81-0.99 para sa kumpletong kasunduan28.
Ang etikal na clearance ay nakuha mula sa University of Addis Ababa at lahat ng mga eksperimentong protocol para sa pag -aaral na ito ay naaprubahan ng Board ng Siyentipikong Ethics Review ng Etiopia Public Institute. Ang numero ng sanggunian para sa lisensya ng etika ng EPHI ay EPHI/IRB-279-2020. Ang lahat ng mga pamamaraan ay inilalapat alinsunod sa mga rekomendasyon at mga probisyon ng Etiopian National Comprehensive Guide para sa paggamot ng Covid-19. Bilang karagdagan, ang nakasulat na kaalamang pahintulot ay nakuha mula sa lahat ng mga kalahok sa pag -aaral bago ang pakikilahok sa pag -aaral.
Ang lahat ng data na nakuha o nasuri sa pag -aaral na ito ay kasama sa nai -publish na artikulong ito. Ang data na sumusuporta sa mga resulta ng pag -aaral na ito ay magagamit mula sa kani -kanilang may -akda sa makatuwirang kahilingan.
World Health Organization. Mga Rekomendasyon para sa Mga Diskarte sa Pagsubok sa Laboratory para sa Covid-19: Interim Guidance, Marso 21, 2020 Hindi.
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnosis sa Kagawaran ng Pang-emergency: All-In sa Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnosis sa Kagawaran ng Pang-emergency: All-In sa Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. at Gurgulianis, Ki Intelligent Diagnosis ng Covid-19 sa kagawaran ng emerhensiya: lahat ng bagay sa pagsasagawa.Muliou DS, Pantazopoulos I. at Gurgulyanis Ki Intelligent diagnosis ng Covid-19 sa mga kagawaran ng emerhensiya: end-to-end na pagsasama sa pagsasanay. Expert Reverend Respire. gamot. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Pagsusuri ng Covid19 ID Ngayon Eua Assay. Mitchell, SL & St George, K. Pagsusuri ng Covid19 ID Ngayon Eua Assay.Mitchell, SL at St. George, K. Pagsusuri ng Covid19 ID Ngayon Eua Assay.Mitchell SL at St. George K. Pagsusuri ng covid19 ID ngayon eua assay. J. Clinical. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratory Detection ng Coronavirus Disease 2019 (Covid-19) sa pinaghihinalaang sakit ng tao. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (na-access 15 Agosto 2020) (sino, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis ng Covid-19: Mga sakit at mga tool sa pagsubok. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ang pagtatatag ng College of Pathologists ng Eastern, Central at Southern Africa - Regional School of Pathology ng Gitnang Silangan at Timog Africa. Africa. J. Lab. gamot. 9 (1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Interim pambansang diskarte at gabay para sa diagnosis ng laboratoryo ng covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (na-access 12 Agosto 2020) (epi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, bilang mga maling negatibong pagsubok para sa mga hamon at implikasyon ng impeksyon sa SARS-Cov-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, bilang mga maling negatibong pagsubok para sa mga hamon at implikasyon ng impeksyon sa SARS-Cov-2.Voloshin S., Patel N. at Kesselheim bilang maling-negatibong mga pagsubok para sa mga impeksyon sa SARS-COV-2 at ang kanilang mga kahihinatnan.Voloshin S., Patel N. at Kesselheim bilang mga maling-negatibong pagsubok para sa paghihimok at ang epekto ng impeksyon sa SARS-COV-2. N. Eng. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng Covid-19: mga diskarte sa pag-iwas sa paghinga at pamamahala, pagbabakuna, at karagdagang mga pananaw. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng Covid-19: mga diskarte sa pag-iwas sa paghinga at pamamahala, pagbabakuna, at karagdagang mga pananaw. MOULIOU, DS & Gourgoulianis, Ki ложноположительные и ложноотрицательные случаи Covid-19: респиulit Вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, ki maling positibo at maling negatibong mga kaso ng Covid-19: Mga diskarte sa pag-iwas sa paghinga at paggamot, pagbabakuna at ang pasulong.Muliu, DS at Gurgulianis, ki maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng Covid-19: mga diskarte para sa pag-iwas sa paghinga at paggamot, pagbabakuna at ang paraan pasulong. Expert Reverend Respire. gamot. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 na diagnosis sa kagawaran ng emerhensiya: nakikita ang puno ngunit nawawala ang kagubatan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 na diagnosis sa kagawaran ng emerhensiya: nakikita ang puno ngunit nawawala ang kagubatan.Mouliou, DS, Ioannis, P. at Konstantinos, G. Covid-19 diagnosis sa kagawaran ng emerhensiya: tingnan ang puno, nawala ang kagubatan.Muliou DS, Ioannis P., at Konstantinos G. Covid-19 na diagnosis sa mga emergency room: hindi sapat na kagubatan para sa mga puno. Lumitaw. gamot. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Ang pagpapatunay at pagpapatunay ng analytical at klinikal na pagganap ng Abbott Realtime SARS-COV-2 assay. J. Clinical. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng limang panimulang aklat mula sa iba't ibang genome na rehiyon ng covid-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa virus sa pamamagitan ng maginoo na RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng limang panimulang aklat mula sa iba't ibang mga rehiyon ng genome ng covid-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa virus sa pamamagitan ng maginoo na RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. at Aflatunyan, B. Paghahambing ng limang hanay ng mga primer mula sa iba't ibang mga rehiyon ng covid-19 genome para sa pagtuklas ng impeksyon sa viral sa pamamagitan ng maginoo na RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng 5 iba't ibang mga genetic na rehiyon ng Covid-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa virus ng maginoo na RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Keyestanaki D, Fazlalipour M. at Aflatunyan B. Paghahambing ng limang hanay ng mga panimulang aklat mula sa iba't ibang mga rehiyon ng covid-19 gene para sa pagtuklas ng impeksyon sa viral sa pamamagitan ng maginoo na RT-PCR.Iran. J. Microbiology. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Paunang mga resulta ng National External Quality Assessment Program para sa pagtuklas ng mga pagkakasunud-sunod ng genome ng SARS-COV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytical na pagsusuri ng pagiging epektibo ng limang RT-PCR kit para sa malubhang talamak na respiratory syndrome coronavirus 2. J. Clinical. Laboratory. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Ang pagsusuri ng pitong magagamit na komersyal na SARS-COV-2 RNA detection kit sa China batay sa reaksyon ng reaksyon ng chain ng real-time (PCR). Klinikal. Kemikal. Laboratory. gamot. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Paghahambing ng pitong komersyal na RT-PCR covid-19 diagnostic kit. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Paghahambing ng diagnostic na pagganap ng dalawang PCR kit para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2 nucleic acid. J. Clinical. Laboratory. anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, atbp. Diagnosis. Microbiology. Infect. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Molekula ng Abbott. Abbott Real-Time SARS-COV-2 Pagtatasa ng Package Insert. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Hanggang Agosto 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA paghihiwalay gamit ang magnetic beads para sa mabilis na malaking sukat na pagtuklas ng RT-qPCR at RT-lamp. Virus 12 (8), 863 (2020).