Pagganap ng apat na nucleic acid amplification assays para matukoy ang SARS-CoV-2 sa Ethiopia

Salamat sa pagbisita sa Nature.com. Gumagamit ka ng bersyon ng browser na may limitadong suporta sa CSS. Para sa pinakamagandang karanasan, inirerekomenda namin na gumamit ka ng na-update na browser (o huwag paganahin ang Compatibility Mode sa Internet Explorer). Bilang karagdagan, upang matiyak ang patuloy na suporta, ipinapakita namin ang site na walang mga istilo at JavaScript.
Nagpapakita ng carousel ng tatlong slide nang sabay-sabay. Gamitin ang Nakaraang at Susunod na mga pindutan upang lumipat sa tatlong mga slide sa isang pagkakataon, o gamitin ang mga pindutan ng slider sa dulo upang lumipat sa tatlong mga slide sa isang pagkakataon.
Mula noong pagsiklab ng 2019 coronavirus disease (COVID-19), maraming komersyal na nucleic acid amplification test (NAAT) ang binuo sa buong mundo at naging mga karaniwang pagsusuri. Bagama't maraming pagsubok ang mabilis na binuo at inilapat sa mga pagsusuri sa diagnostic ng laboratoryo, ang pagganap ng mga pagsusulit na ito ay hindi nasuri sa iba't ibang mga setting. Samakatuwid, ang pag-aaral na ito ay naglalayong suriin ang pagganap ng Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, at Sansure Biotech assays gamit ang Composite Reference Standard (CRS). Ang pag-aaral ay isinagawa sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) mula 1 hanggang 30 Disyembre 2020. 164 na nasopharyngeal sample ang kinuha gamit ang QIAamp RNA mini kit at ang Abbott DNA sample preparation system. Sa 164 na mga specimen, 59.1% ay positibo at 40.9% ay negatibo para sa CRS. Ang pagiging positibo ng Sansure Biotech ay makabuluhang mababa kumpara sa CRS (p <0.05). Ang pagiging positibo ng Sansure Biotech ay makabuluhang mababa kumpara sa CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению sa CRS (p < 0,05). Ang mga positibong resulta ng Sansure Biotech ay makabuluhang mas mababa kumpara sa CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ang Sansure Biotech ay may makabuluhang mas kaunting positibong resulta kumpara sa CRS (p <0.05).Ang pangkalahatang kasunduan ng apat na pagsusuri ay 96.3–100% kumpara sa CRS. Bilang karagdagan sa mababang positivity rate ng Sansure Biotech assay, ang pagganap ng apat na assay ay halos maihahambing. Dahil dito, ang Sansure Biotech [Research Only (RUO)] assay ay nangangailangan ng karagdagang pagpapatunay para sa paggamit nito sa Ethiopia. Sa wakas, ang karagdagang pananaliksik ay dapat isaalang-alang upang suriin ang mga assay na may naaangkop na mga claim ng tagagawa.
Ang pagsusuri sa laboratoryo ay bahagi ng World Health Organization (WHO) Strategic Plan para sa Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Preparedness and Response (SPRP). Ipinapayo ng WHO na ang mga bansa ay kailangang bumuo ng kapasidad sa laboratoryo upang mapabuti ang kahandaan, wastong pamamahala ng kaso, pagbabantay at mabilis na pagtugon sa mga hamon sa kalusugan ng publiko. Iminumungkahi nito na ang papel ng laboratoryo ay susi sa pagkilala sa sakit at epidemiology ng mga umuusbong na nakakahawang ahente at pagkontrol sa kanilang pagkalat.
Ang diagnosis ng COVID-19 ay nangangailangan ng epidemiological at medikal na impormasyon, mga personal na sintomas/senyales, at radiographic at laboratory data2. Mula nang maiulat ang pagsiklab ng COVID-19 sa Wuhan, China, maraming commercial nucleic acid amplification tests (NAATs) ang binuo sa buong mundo. Ang real-time na reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) ay ginamit bilang isang nakagawian at karaniwang paraan para sa pag-diagnose ng laboratoryo ng impeksyon sa severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2)3. Ang molecular detection ng SARS-CoV-2 ay karaniwang batay sa N (nucleocapsid protein gene), E (envelope protein gene), at RdRp (RNA-dependent RNA polymerase gene) na mga gene sa ORF1a/b (open reading frame 1a/b) . gene) na rehiyon na kinilala mula sa viral genome. Ang mga ito ay itinuturing na mga pangunahing conserved na rehiyon na matatagpuan sa mga viral genome para sa pagkilala ng virus4. Kabilang sa mga gene na ito, ang RdRp at E genes ay may mataas na analytical detection sensitivity, habang ang N gene ay may mababang analytical sensitivity5.
Ang pagganap ng PCR assays ay maaaring mag-iba depende sa iba't ibang salik tulad ng: extraction reagents, amplification/detection reagents, paraan ng pagkuha, kalidad ng PCR machine at iba pang instrumento. Noong Abril 2020, mahigit 48 iba't ibang diagnostic device mula sa siyam na bansa ang nakatanggap ng Emergency Use Authorization (EUA) para sa mga diagnostic ng COVID-196. Sa Ethiopia, mahigit 14 na real-time na PCR platform ang ginagamit para sa PCR detection ng SARS-CoV-2 sa 26 pampublikong institusyong pangkalusugan, kabilang ang ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 at Quant-studio7. Bilang karagdagan, ang iba't ibang mga PCR test kit ay magagamit, tulad ng Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test, at SARS-CoV-2 BGI test. Bagama't napakasensitibo ng rRT-PCR, ang ilang mga pasyente na may COVID-19 ay nag-uulat ng mga maling negatibong resulta dahil sa hindi sapat na mga kopya ng viral ribonucleic acid (RNA) sa mga sample dahil sa hindi tamang koleksyon, transportasyon, pag-iimbak at paghawak, at pagsusuri sa laboratoryo. kondisyon at pagkilos ng mga tauhan8. Bilang karagdagan, ang sample o control mishandling, cycle threshold (Ct) setting, at cross-reactivity sa iba pang pathogenic nucleic acid o inactive/residual na SARS-CoV-2 RNA ay maaaring humantong sa mga maling positibong resulta sa rRT-PCR9 assays. Kaya, malinaw na ang mga pagsusuri sa PCR ay talagang makikilala ang mga carrier ng mga fragment ng gene, dahil hindi nila matukoy ang pagkakaiba sa pagitan ng tunay na aktibong mga viral gene, kaya ang mga pagsusuri ay maaari lamang makilala ang mga carrier at hindi ang mga pasyente10. Samakatuwid, mahalagang suriin ang pagganap ng diagnostic gamit ang mga karaniwang pamamaraan sa aming setting. Bagama't maraming NAAT reagents ang available sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) at sa buong bansa, wala pang naiulat na comparative evaluation ng kanilang pagiging epektibo. Samakatuwid, ang pag-aaral na ito ay naglalayong suriin ang paghahambing na pagganap ng mga magagamit na komersyal na kit para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2 sa pamamagitan ng rRT-PCR gamit ang mga klinikal na specimen.
May kabuuang 164 na kalahok na may pinaghihinalaang COVID-19 ang kasama sa pag-aaral na ito. Ang karamihan ng mga sample ay mula sa mga sentro ng paggamot (118/164 = 72%), habang ang natitirang 46 (28%) na kalahok ay mula sa mga hindi sentro ng paggamot. Sa mga kalahok na hindi ginagamot sa sentro, 15 (9.1%) ang may mga klinikal na pinaghihinalaang kaso at 31 (18.9%) ang may mga contact ng mga nakumpirmang kaso. Siyamnapu't tatlong (56.7%) kalahok ay lalaki, at ang ibig sabihin (± SD) na edad ng mga kalahok ay 31.10 (± 11.82) taon.
Sa pag-aaral na ito, natukoy ang mga positibo at negatibong rate ng apat na pagsusuri para sa COVID-19. Kaya, ang mga positibong rate ng Abbott SARS-CoV-2 assay, Daan Gene 2019-nCoV assay, SARS-CoV-2 BGI assay, at Sansure Biotech 2019-nCoV assay ay 59.1%, 58.5%, 57.9% at 55.5% ayon sa pagkakabanggit. . Ang positibo at negatibong composite reference standard (CRS) na mga marka ay 97 (59.1%) at 67 (40.9%), ayon sa pagkakabanggit (Talahanayan 1). Sa pag-aaral na ito, ang kahulugan ng CRS ay nakabatay sa "anumang positibong" tuntunin, kung saan sa apat na resulta ng pagsusulit, dalawa o higit pang resulta ng pagsusulit na nagbigay ng parehong resulta ay itinuturing na tunay na positibo o negatibo.
Sa pag-aaral na ito, nakakita kami ng negatibong porsyentong kasunduan (NPA) na 100% (95% CI 94.6–100) para sa lahat ng pagsusuri kumpara sa CRS. Ang pagsusuri ng Sansure Biotechnology ay nagpakita ng kaunting PPA na 93.8% (95% CI 87.2-97.1) at ang pagsusuri ng Daan Gene 2019-nCoV ay may kabuuang kasunduan na 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sa kabaligtaran, ang kabuuang kasunduan sa pagitan ng SARS-CoV-2 BGI assay at ng Sansure Biotech 2019-nCoV assay ay 98.8% at 96.3%, ayon sa pagkakabanggit (Talahanayan 2).
Ang kappa coefficient of agreement ni Cohen sa pagitan ng CRS at Abbott SARS-CoV-2 na mga resulta ng assay ay ganap na pare-pareho (K = 1.00). Katulad nito, ang mga halaga ng kappa ni Cohen na nakita ng Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, at Sansure Biotech 2019-nCoV ay ganap ding naaayon sa CRS (K ≥ 0.925). Sa comparative analysis na ito, ipinakita ng chi-square test (McNemar test) na ang mga resulta ng assay ng Sansure Biotech 2019-nCoV ay makabuluhang naiiba sa mga resulta ng CRS (p = 0.031) (Talahanayan 2).
Gaya ng ipinapakita sa Fig.1 ang porsyento ng pinakamababang Ct value (< 20 Ct) ng Abbott SARS-CoV-2 assay (pinagsamang RdRp at N gene) ay 87.6% at ORF1a/b gene Ct value ng Sansure Biotech 2019-nCoV assay ay nagpakita na ang porsyento ng mababa Ang Ct value (< 20 Ct) ay 50.3% at ang mataas na Ct value (36–40 Ct) ay 3.2%. 1 ang porsyento ng pinakamababang Ct value (< 20 Ct) ng Abbott SARS-CoV-2 assay (pinagsamang RdRp at N gene) ay 87.6% at ORF1a/b gene Ct value ng Sansure Biotech 2019-nCoV assay ay nagpakita na ang porsyento ng mababa Ang Ct value (< 20 Ct) ay 50.3% at ang mataas na Ct value (36–40 Ct) ay 3.2%.Gaya ng ipinapakita sa Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, гена ORF зна 1 анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, at высокое значение Ct (36 стол) . 1, ang porsyento ng pinakamababang Ct value (< 20 Ct) analysis ng Abbott SARS-CoV-2 (pinagsamang gene RdRp at N) ay 87.6%, at ang Ct value ng ORF1a/b gene analysis ng Sansure Biotech 2019-nCoV ay nagpakita na ang porsyento ng mababang halaga ng Ct (< 20 Ct) ay umabot ng 50.3%, at mataas na halaga ng Ct (36–40 Ct) ay umabot ng 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct.8）丽 9 Ct.V 6% Biotech检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分毀 Gaya ng ipinapakita sa Figure 1, ang pinakamababang porsyento ng Ct value (<20 Ct) ng Abbott SARS-CoV-2 test (kumbinasyon ng RdRp at N gene) ay 87.6%, ang ORF1a/b gene Ct value ng Sansure Biotech 2019-nCoV test nagpapakita ng mababang Ct值(< 20 Ct) 的 porsyento ay 50.3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 porsyento ay 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное знач (<ение Ctмие знач () 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Gaya ng ipinapakita sa Figure 1, ang Abbott SARS-CoV-2 assay (pinagsasama ang RdRp at N genes) ay may pinakamababang porsyento na Ct value (< 20 Ct) sa 87.6%, habang ang Ct value ng ORF1a/b gene sa Sansure Pag-aaral sa Biotech 2019 – Ang pagsusuri ng nCoV ay nagpakita ng mababang Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, at процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Ang porsyento ng mga halaga (<20 Ct) ay 50.3%, at ang porsyento ng mataas na mga halaga ng Ct (36–40 Ct) ay 3.2%.Ang Abbott SARS-CoV-2 B test ay nagtala ng mga halaga ng Ct na higit sa 30. Sa kabilang banda, sa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene ay may mataas na Ct value (> 36 Ct) na porsyento ay 4% (Fig. 1). Sa kabilang banda, sa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene ay may mataas na Ct value (> 36 Ct) na porsyento ay 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 1%). Sa kabilang banda, sa pagsusuri ng BGI SARS-CoV-2 gene ORF1a/b ay may mataas na halaga ng Ct (> 36 Ct), ang porsyento nito ay 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图 Sa kabilang banda, sa BGI SARS-CoV-2 detection, ang porsyento ng ORF1a/b gene na may mataas na Ct value (>36 Ct) ay 4% (Figure 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (halimbawa 1). Sa kabilang banda, sa pagsusuri ng BGI SARS-CoV-2, ang porsyento ng mga gene ng ORF1a/b na may mataas na halaga ng Ct (>36 Ct) ay 4% (Larawan 1).
Sa pag-aaral na ito, kumuha kami ng 164 na mga sample ng nasopharyngeal. Para sa lahat ng uri ng assays, isinagawa ang RNA isolation at amplification gamit ang mga pamamaraan at kit na inirerekomenda ng kani-kanilang mga tagagawa.
Ipinakita ng pag-aaral na ito na ang pagsubok ni Abbott para sa SARS-CoV-2 ay may kaparehong pagganap ng pagtuklas gaya ng CRS, na may 100% positibo, negatibo, at pangkalahatang konkordans. Ang kappa agreement ni Cohen ay 1.00, na nagpapahiwatig ng buong kasunduan sa CRS. Nalaman ng isang katulad na pag-aaral ng University of Washington sa US na ang pangkalahatang sensitivity at specificity ng Abbott test para sa SARS-CoV-2 ay 93% at 100%, ayon sa pagkakabanggit, kumpara sa laboratory-determined assay (LDA) ng CDC . 11. Ang Abbott SARS-CoV-2 detection system ay batay sa sabay-sabay na pinagsamang pagtuklas ng N at RdRp genes, dahil ang parehong mga gene ay mas sensitibo, na pinapaliit ang mga maling negatibo12. Ipinakita rin ng isang pag-aaral sa Vienna, Austria na ang malalaking volume ng sample ng pagkuha at dami ng eluent ng detection ay pinaliit ang mga epekto ng dilution at nadagdagan ang kahusayan sa pagtuklas13. Kaya, ang perpektong tugma ni Abbott para sa SARS-CoV-2 assay ay maaaring iugnay sa isang platform detection system na sabay-sabay na nakakakita ng mga combinatorial genes, kumukuha ng malaking bilang ng mga sample (0.5 ml), at gumagamit ng malaking halaga ng eluent (40 µl).
Ipinakita din ng aming mga resulta na ang pagganap ng pagtuklas ng Daan genetic test ay halos kapareho ng sa CRS. Ito ay pare-pareho sa isang pag-aaral14 na isinagawa sa Anhui University sa Huainan, China, at ang claim ng manufacturer na 100% positibong kasunduan. Sa kabila ng mga ulat ng pare-parehong resulta, ang isang sample ay false negative matapos muling suriin ang parehong eluate, ngunit positibo sa Abbott SARS-CoV-2 at Sansure Biotech nCoV-2019 assays. Iminumungkahi nito na maaaring may pagkakaiba-iba sa mga resulta sa iba't ibang uri ng mga assay. Gayunpaman, sa pag-aaral na isinagawa sa China15, ang resulta ng Daan Gene assay ay makabuluhang naiiba (p <0.05) kumpara sa kanilang lab-defined reference assay. Gayunpaman, sa pag-aaral na isinagawa sa China15, ang resulta ng Daan Gene assay ay makabuluhang naiiba (p <0.05) kumpara sa kanilang lab-defined reference assay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) т эталонного анализа. Gayunpaman, sa isang pag-aaral sa China15, ang resulta ng pagsusuri ni Daan Gene ay makabuluhang naiiba (p <0.05) mula sa kanilang pagsusuri sa sanggunian sa laboratoryo.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p) < 0,0раты эталонным лабораторным тестом. Gayunpaman, sa isang pag-aaral sa China15, ang mga resulta ng genetic test ni Daan ay makabuluhang naiiba (p <0.05) kumpara sa sangguniang pagsubok sa laboratoryo nito.Ang pagkakaibang ito ay maaaring dahil sa sensitivity ng reference test para matukoy ang SARS-CoV-2, at maaaring mahalaga ang karagdagang pag-aaral upang matukoy ang dahilan.
Bilang karagdagan, sinuri ng aming pag-aaral ang paghahambing na pagganap ng SARS-CoV-2 BGI assay sa CRS, na nagpapakita ng mahusay na positibong porsyentong kasunduan (PPA = 97.9%), negatibong porsyentong kasunduan (NPA = 100%), at pangkalahatang porsyentong kasunduan ayon sa kasarian ( OPA). ). = 98.8%). Ang mga halaga ng Kappa ni Cohen ay nagpakita ng magandang kasunduan (K = 0.975). Ang mga pag-aaral sa Netherlands16 at China15 ay nagpakita ng pare-parehong resulta. Ang SARS-CoV-2 BGI test ay isang solong gene (ORF1a/b) detection test gamit ang 10 µl amplification/detection eluate. Sa kabila ng mahusay na kasunduan sa istatistika sa aming mga resulta ng sanggunian, ang pagsusuri ay hindi nakuha ang dalawang positibong sample (1.22%) ng kabuuang sample. Ito ay maaaring magkaroon ng malaking klinikal na implikasyon para sa dynamics ng paghahatid sa parehong antas ng pasyente at komunidad.
Ang isa pang comparative analysis na kasama sa pag-aaral na ito ay ang Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) assay; ang kabuuang porsyento ng tugma ay 96.3%. Ang lakas ng kasunduan ay natukoy din ng halaga ng Kappa ng Cohen, na 0.925, na nagpapahiwatig ng buong kasunduan sa CRS. Muli, ang aming mga resulta ay magkapareho sa mga pag-aaral na isinagawa sa Central South University sa Changsha, China, at sa Clinical Laboratory Department ng Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Kahit na naitala ang magandang statistical concordance sa itaas, ipinakita ng chi-square test (MacNemar test) na ang resulta ng Sansure Biotech assay ay may makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005). Kahit na naitala ang magandang statistical concordance sa itaas, ipinakita ng chi-square test (MacNemar test) na ang resulta ng Sansure Biotech assay ay may makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадрат) что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Bagama't naitala ang magandang istatistikal na kasunduan sa itaas, ang chi-square test (McNemar test) ay nagpakita na ang resulta ng Sansure Biotech assay ay may makabuluhang pagkakaiba sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检浞的總测相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure 术 rs biotech相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) покачизач разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech at CRS. Sa kabila ng magandang istatistikal na kasunduan na nabanggit sa itaas, ang chi-square test (McNemar test) ay nagpakita ng makabuluhang pagkakaiba sa istatistika (p <0.005) sa pagitan ng Sansure Biotech assay at ng CRS.Anim na sample (3.66%) ang natagpuang maling negatibo kumpara sa CRS (Karagdagang Talahanayan 1); ito ay napakahalaga, lalo na dahil sa dinamika ng paghahatid ng virus. Sinusuportahan din ng data sa itaas ang mababang rate ng pagtuklas na ito15.
Sa pag-aaral na ito, ang mga halaga ng Ct ay natukoy para sa bawat assay at kani-kanilang platform, na may pinakamababang mean na halaga ng Ct na iniulat sa Abbott SARS-CoV-2 assay. Ang resultang ito ay maaaring nauugnay sa sabay-sabay na pinagsamang genetic testing system ng Abbott para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2. Samakatuwid, ayon sa Figure 1, 87.6% ng mga resulta ng Abbott SARS-CoV-2 ay may mga Ct value na mas mababa sa 20. Maliit lamang na bilang ng mga sample na resulta (12.4%) ang nasa hanay na 20-30. Ang mga halaga ng Ct na higit sa 30 ay hindi naitala. Bilang karagdagan sa paggamit ni Abbott ng SARS-CoV-2 panel genetic testing format, ang resulta na ito ay maaaring nauugnay sa mas mababang limitasyon sa pagtuklas (32.5 RNA copies/mL)18, na tatlong beses na mas mababa kaysa sa lower limit ng kumpanya na 100 RNA copies /mL. ml)19.
Ang pag-aaral na ito ay may ilang mga limitasyon: una, wala kaming mga standard/reference na pamamaraan [gaya ng viral load o iba pang mga pagsubok sa laboratoryo (LDA)] dahil sa kakulangan ng mga mapagkukunan. Pangalawa, ang lahat ng mga specimen na ginamit sa pag-aaral na ito ay nasopharyngeal swab, habang ang mga resulta ay hindi naaangkop sa iba pang mga uri ng ispesimen, at pangatlo, ang aming sample size ay maliit.
Inihambing ng pag-aaral na ito ang pagganap ng apat na rRT-PCR assay para sa SARS-CoV-2 gamit ang mga sample ng nasopharyngeal. Ang lahat ng mga pagsusuri sa pagtuklas ay may halos maihahambing na pagganap, maliban sa Sansure Biotech assay. Bilang karagdagan, ang mababang rate ng positivity ay nakilala sa Sansure Biotech assay kumpara sa CRS (p <0.05). Bilang karagdagan, ang mababang rate ng positivity ay nakilala sa Sansure Biotech assay kumpara sa CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Bilang karagdagan, ang pagsubok ng Sansure Biotech ay nagpakita ng mababang porsyento ng mga positibong resulta kumpara sa CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Bilang karagdagan, ang Sansure Biotech assay ay may mas mababang positivity rate kumpara sa CRS (p <0.05).Ang pagsusuri ng Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) ng PPA, NPA at pangkalahatang kasunduan ay lumampas sa 93.5% na may Cohen Kappa strength of agreement value na 0.925. Sa wakas, ang Sansure Biotech Assay (RUO) ay nangangailangan ng karagdagang pagpapatunay para sa paggamit sa Ethiopia, at ang karagdagang pananaliksik ay dapat isaalang-alang upang suriin ang mga claim mula sa mga indibidwal na tagagawa.
Ang disenyo ng comparative study ay isinagawa sa apat na pasilidad ng kalusugan sa Addis Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital, at St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Ang data ay nakolekta sa pagitan ng Disyembre 1 at 31, 2020. Ang mga medikal na pasilidad para sa pag-aaral na ito ay sadyang pinili batay sa kanilang mataas na bilang ng mga kaso at pagkakaroon ng mga pangunahing sentro ng paggamot sa lungsod. Katulad nito, ang mga instrumento, kabilang ang ABI 7500 at Abbott m2000 real-time na mga instrumento ng PCR, ay pinili ayon sa mga rekomendasyon ng mga tagagawa ng NAAT reagent, at apat na PCR detection kit ang napili para sa pag-aaral na ito, dahil ang karamihan sa mga laboratoryo sa Ethiopia ay gumamit ng hindi bababa sa hindi bababa sa. apat sila. Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test, at SARS-CoV-2 BGI test na isinagawa sa panahon ng pag-aaral).
Ang pagsusuri para sa SARS-CoV-2 ay isinagawa mula 1 hanggang 30 Disyembre 2020 gamit ang 3 ml ng Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) mula sa mga indibidwal na iniimbestigahan para sa COVID-19 na tinukoy sa EPHI. Ang mga sample ng nasopharyngeal ay kinolekta ng mga sinanay na sample collectors at ipinadala sa EPHI sa triple pack. Bago ang paghihiwalay ng nucleic acid, ang bawat sample ay itinalaga ng isang natatanging numero ng pagkakakilanlan. Ang pagkuha ay isinasagawa mula sa bawat sample kaagad sa pagdating gamit ang manu-mano at awtomatikong mga paraan ng pagkuha. Kaya, para sa awtomatikong pagkuha ng Abbott m2000, 1.3 ml (kabilang ang 0.8 ml dead volume at 0.5 ml extraction inlet volume) ng sample ay nakuha mula sa bawat sample at dumaan sa Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Isang batch ng 96 [92 sample, dalawang detection control at dalawang non-template controls (NTC)] ang kasama sa kabuuang proseso (pagbawi at pagtuklas) ng dalawang round ng SARS-CoV-2 (EUA) sa real time. pagmimina. Katulad nito, para sa manu-manong pagkuha, gamitin ang parehong mga sample (para sa awtomatikong pagkuha at pagtuklas). Kaya, sa buong proseso, 140 µl sample ang na-aliquote at na-extract gamit ang QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) sa mga batch na 24 (kabilang ang 20 sample, dalawang assay control at dalawang NTC) sa loob ng siyam na round. Ang mga manu-manong na-extract na eluate ay pinalaki at natukoy gamit ang isang ABI 7500 thermal cycler gamit ang SARS-CoV-2 BGI assay, Daan Gene assay, at Sansure Biotech assay.
Ang awtomatikong paghihiwalay at paglilinis ng SARS-CoV-2 viral RNA ay sumusunod sa prinsipyo ng magnetic bead gamit ang Abbott DNA sample preparation reagents. Ang inactivation ng mga sample at solubilization ng mga viral particle ay isinasagawa gamit ang isang detergent na naglalaman ng guanidine isothiocyanate upang i-denature ang protina at hindi aktibo ang RNase. Ang RNA ay pagkatapos ay ihihiwalay mula sa protina sa pamamagitan ng solid phase separation gamit ang silica, ibig sabihin, ang guanidinium salt at ang alkaline pH ng lysis buffer ay nagtataguyod ng pagbubuklod ng mga nucleic acid sa silica (SiO2). Ang hakbang sa pagbanlaw ay nag-aalis ng natitirang mga protina at mga labi upang makagawa ng malinaw na solusyon. Ang transparent na RNA ay nakahiwalay sa mga microparticle na nakabatay sa silica gamit ang magnetic field ng instrument20,21. Sa kabilang banda, ang manu-manong paghihiwalay at paglilinis ng RNA ay isinasagawa sa pamamagitan ng pamamaraan ng spin column gamit ang centrifugation sa halip na isang magnetic stand at paghihiwalay ng mga microparticle mula sa eluent.
Ang Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) ay isinagawa ayon sa mga tagubilin ng tagagawa, na nakatanggap ng EUA19,22 mula sa WHO at FDA. Sa protocol na ito, ang sample na hindi aktibo bago ang pagkuha ay isinagawa sa isang paliguan ng tubig sa 56 ° C sa loob ng 30 min. Matapos ang hindi aktibo na virus, ang pagkuha ng nucleic acid ay isinagawa sa isang Abbott m2000 SP instrumento mula sa 0.5 ml VTM gamit ang isang Abbott m2000 DNA sample na sistema ng paghahanda. ayon sa tagagawa. Ang amplification at detection ay isinagawa gamit ang isang Abbott m2000 RT-PCR instrument, at ang dual detection ay isinagawa para sa RdRp at N gen. ROX) at VIC P (proprietary dye) para sa pag-target at pagtuklas ng mga panloob na kontrol, na nagbibigay-daan sa sabay-sabay na pagtuklas ng parehong mga produkto ng amplification 19 .
Ang paraan ng pag-detect ng amplification ng kit na ito ay batay sa one-step na RT-PCR na teknolohiya. Ang ORF1a/b at N gen ay pinili bilang conserved na mga rehiyon ng Daan Gene Technology upang makita ang target na paglaki ng rehiyon. Ang mga partikular na primer at fluorescent probes (N gene probes na may label na FAM, ORF1a/b probes na may label na VIC) ay idinisenyo upang makita ang SARS-CoV-2 RNA sa mga sample. Ang panghuling eluent at master mix ay inihanda sa pamamagitan ng pagdaragdag ng 5 µl ng eluent sa 20 µl ng master mix sa isang huling volume na 25 µl. Ang amplification at detection ay isinagawa nang sabay-sabay sa isang ABI 750024 real-time na PCR na instrumento.
Na-detect ang ORF1a/b at N genes gamit ang Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescent PCR detection). Maghanda ng mga partikular na probe para sa bawat target na gene sa pamamagitan ng pagpili sa FAM channel para sa ORF1a/b na rehiyon at sa ROX channel para sa N gene. Sa assay kit na ito, idinaragdag ang eluent at master mix reagents tulad ng sumusunod: maghanda ng 30 µl master mix reagent at 20 µl eluted sample para sa detection/amplification. Ang real-time na PCR ABI 750025 ay ginamit para sa amplification/detection.
Ang SARS-CoV-2 BGI test ay isang fluorescent real-time rRT-PCR kit para sa diagnosis ng COVID-19. Ang target na rehiyon ay matatagpuan sa ORF1a/b na rehiyon ng SARS-CoV-2 genome, na isang solong paraan ng pagtuklas ng gene. Bilang karagdagan, ang human housekeeping gene β-actin ay isang panloob na kinokontrol na target na gene. Ang master mix ay inihanda sa pamamagitan ng paghahalo ng 20 µl ng master mix reagent at 10 µl ng nakuhang sample ng RNA sa isang well plate26. Isang ABI 7500 fluorescent quantitative real-time na PCR instrument ang ginamit para sa amplification at detection. Ang lahat ng nucleic acid amplification, PCR run condition para sa bawat assay, at interpretasyon ng mga resulta ay isinagawa ayon sa kani-kanilang mga tagubilin ng tagagawa (Talahanayan 3).
Sa comparative analysis na ito, hindi namin ginamit ang reference standard na paraan para matukoy ang porsyentong kasunduan (positibo, negatibo, at pangkalahatan) at iba pang mga parameter ng paghahambing para sa apat na pagsusuri. Ang bawat paghahambing ng pagsubok ay ginawa sa CRS, sa pag-aaral na ito ang CRS ay itinakda ng panuntunang "anumang positibo" at ang resulta ay natukoy, hindi sa pamamagitan ng isang pagsubok, gumamit kami ng hindi bababa sa dalawang magkatugmang resulta ng pagsubok. Bilang karagdagan, sa kaso ng pagpapadala ng COVID-19, ang mga maling negatibong resulta ay mas mapanganib kaysa sa mga maling positibong resulta. Samakatuwid, upang masabi ang "positibo" nang tumpak hangga't maaari mula sa isang resulta ng CRS, dapat na positibo ang hindi bababa sa dalawang pagsusuri sa assay, ibig sabihin, hindi bababa sa isang positibong resulta ang malamang na magmumula sa isang EUA assay. Kaya, sa apat na resulta ng pagsusulit, dalawa o higit pang resulta ng pagsusulit na nagbibigay ng parehong resulta ay itinuturing na totoong positibo o negatibo18,27.
Ang mga datos ay nakolekta gamit ang structured data extraction forms, data entry at analysis ay isinagawa gamit ang Excel statistical software at SPSS version 23.0 para sa descriptive statistics. Nasuri ang positibo, negatibo, at pangkalahatang porsyentong kasunduan, at ginamit ang isang marka ng Kappa upang matukoy ang antas ng kasunduan ng bawat pamamaraan sa CRS. Ang mga halaga ng Kappa ay binibigyang kahulugan bilang mga sumusunod: 0.01 hanggang 0.20 para sa banayad na kasunduan, 0.21 hanggang 0.40 para sa pangkalahatang kasunduan, 0.41-0.60 para sa katamtamang kasunduan, 0.61-0.80 para sa pangunahing kasunduan at 0.81-0.99 para sa kumpletong kasunduan28.
Ang ethical clearance ay nakuha mula sa Unibersidad ng Addis Ababa at lahat ng pang-eksperimentong protocol para sa pag-aaral na ito ay naaprubahan ng Ethiopian Public Health Institute's Scientific Ethics Review Board. Ang reference number para sa EPHI Ethics License ay EPHI/IRB-279-2020. Ang lahat ng mga pamamaraan ay inilapat alinsunod sa mga rekomendasyon at probisyon ng Ethiopian National Comprehensive Guidelines para sa Paggamot ng COVID-19. Bilang karagdagan, ang nakasulat na pahintulot na may kaalaman ay nakuha mula sa lahat ng kalahok sa pag-aaral bago ang paglahok sa pag-aaral.
Ang lahat ng data na nakuha o nasuri sa pag-aaral na ito ay kasama sa nai-publish na artikulong ito. Ang data na sumusuporta sa mga resulta ng pag-aaral na ito ay makukuha mula sa kani-kanilang may-akda sa makatwirang kahilingan.
World Health Organization. Mga Rekomendasyon para sa Mga Istratehiya sa Pagsusuri sa Laboratory para sa COVID-19: Pansamantalang Patnubay, Marso 21, 2020 Blg. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 smart diagnosis sa Emergency Department: All-in in Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 smart diagnosis sa Emergency Department: All-in in Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. at Gurgulianis, KI Intelligent diagnosis ng COVID-19 sa emergency department: lahat ng bagay sa pagsasanay.Muliou DS, Pantazopoulos I. at Gurgulyanis KI Intelligent diagnosis ng COVID-19 sa mga emergency department: end-to-end na pagsasama sa pagsasanay. Ekspertong Reverend Respire. gamot. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Pagsusuri ng COVID19 ID NOW EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Pagsusuri ng COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell, SL at St. George, K. Pagsusuri ng COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell SL at St. George K. Pagsusuri ng COVID19 ID NOW EUA assay. J. Klinikal. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratory detection ng coronavirus disease 2019 (COVID-19) sa pinaghihinalaang sakit ng tao. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (na-access noong Agosto 15, 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis ng COVID-19: Mga Sakit at Mga Tool sa Pagsubok. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Pagtatatag ng College of Pathologists ng Eastern, Central at Southern Africa - Regional School of Pathology ng Middle East at South Africa. Africa. J. Lab. gamot. 9(1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Pansamantalang Pambansang Diskarte at Gabay para sa Laboratory Diagnosis ng COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (na-access noong Agosto 12, 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Mga maling negatibong pagsusuri para sa mga hamon at implikasyon ng impeksyon sa SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Mga maling negatibong pagsusuri para sa mga hamon at implikasyon ng impeksyon sa SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. at Kesselheim AS Maling-negatibong mga pagsusuri para sa mga impeksyon sa SARS-CoV-2 at ang mga kahihinatnan nito.Voloshin S., Patel N. at Kesselheim AS Mga maling-negatibong pagsusuri para sa provocation at epekto ng impeksyon ng SARS-CoV-2. N. eng. J. Medisina. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng COVID-19: Mga diskarte sa pag-iwas at pamamahala sa paghinga, pagbabakuna, at higit pang mga pananaw. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng COVID-19: Mga diskarte sa pag-iwas at pamamahala sa paghinga, pagbabakuna, at higit pang mga pananaw. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии, леичиниця дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Maling positibo at maling negatibong mga kaso ng COVID-19: mga diskarte sa pag-iwas at paggamot sa paghinga, pagbabakuna at ang paraan pasulong.Muliu, DS at Gurgulianis, KI Maling-positibo at maling-negatibong mga kaso ng COVID-19: mga diskarte para sa pag-iwas at paggamot sa paghinga, pagbabakuna at ang paraan pasulong. Ekspertong Reverend Respire. gamot. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis ng COVID-19 sa emergency department: Nakikita ang puno ngunit nawawala ang kagubatan. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis ng COVID-19 sa emergency department: Nakikita ang puno ngunit nawawala ang kagubatan.Mouliou, DS, Ioannis, P. at Konstantinos, G. Diagnosis ng COVID-19 sa Emergency Department: Tingnan ang Puno, Mawalan ng Kagubatan.Muliou DS, Ioannis P., at Konstantinos G. Diagnosis ng COVID-19 sa Mga Emergency Room: Hindi Sapat na Kagubatan para sa Mga Puno. Lumitaw. gamot. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Pagpapatunay at Pagpapatunay ng Analytical at Clinical na Pagganap ng Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinikal. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng limang primer set mula sa iba't ibang genome region ng COVID-19 para sa pagtuklas ng impeksyon ng virus sa pamamagitan ng conventional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng limang primer set mula sa iba't ibang genome na rehiyon ng COVID-19 para sa pagtuklas ng impeksyon ng virus sa pamamagitan ng conventional RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. at Aflatunyan, B. Paghahambing ng limang hanay ng mga panimulang aklat mula sa iba't ibang rehiyon ng genome ng COVID-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa viral sa pamamagitan ng karaniwang RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. at Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Paghahambing ng 5 iba't ibang genetic na rehiyon ng COVID-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa viral sa pamamagitan ng conventional RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. at Aflatunyan B. Paghahambing ng limang hanay ng mga panimulang aklat mula sa iba't ibang rehiyon ng genome ng COVID-19 para sa pagtuklas ng impeksyon sa viral sa pamamagitan ng tradisyonal na RT-PCR.Iran. J. Mikrobiyolohiya. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Mga paunang resulta ng pambansang programa sa pagtatasa ng panlabas na kalidad para sa pagtuklas ng mga sequence ng genome ng SARS-CoV-2. J. Klinikal. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytical Evaluation ng Efficacy ng Limang RT-PCR Kits para sa Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. J. Clinical. laboratoryo. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Pagsusuri ng pitong available na komersyal na SARS-CoV-2 RNA detection kit sa China batay sa real-time na polymerase chain reaction (PCR). klinikal. Kemikal. laboratoryo. gamot. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Paghahambing ng pitong komersyal na RT-PCR COVID-19 diagnostic kit. J. Klinikal. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Paghahambing ng diagnostic performance ng dalawang PCR kit para sa pagtuklas ng SARS-CoV-2 nucleic acid. J. Klinikal. laboratoryo. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, atbp. Ang isang paghahambing na pag-aaral ng apat na SARS-CoV-2 nucleic acid amplification testing (NAAT) platform ay nagpakita na ang pagganap ng ID NOW ay makabuluhang nabawasan depende sa uri ng pasyente at sample. diagnosis. mikrobiyolohiya. Makahawa. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekyul ng Abbott. Abbott real-time SARS-CoV-2 analysis package insert. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Noong Agosto 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA isolation gamit ang magnetic beads para sa mabilis na large-scale detection ng RT-qPCR at RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).